Mbetjet arkeologjike të Ixtépete, një qendër ceremoniale afër qytetit të Guadalajara në komunën e Zapopanit dhe gjetjet e fundit të më shumë se njëzet varreve me bosht në Luginën Atemajac, na lejojnë të konkludojmë se ka pasur profesione të rëndësishme gjatë periudhës klasike (200 BC-650 Pas Krishtit)
Pak para pushtimit, Lugina ishte e banuar në pjesën më të madhe nga grupe Cocas dhe Tecuexes, të mbledhur në fshatra të vegjël të varur nga sundimi i Tonallan, të cilat u paraqitën pa shumë rezistencë nga Nuño Beltrán de Guzmán në 1530.
Në fund të vitit të ardhshëm, Guzman ndërmori pushtimin drejt veriut, duke i besuar Juan de Oñate të kalonte përroskën e lumit Santiago dhe sa më shumë që të ishte e mundur, por me maturi, gjeti një popullsi Spanjolle pa u ekspozuar. Kështu, më 5 janar 1532, pranë Nochistlán, në Zacatecas-in e sotëm, u themelua Guadalajara.
Kushtet e pafavorshme për kolonët shkaktuan transferimin e këtij qyteti në Tonalá, por qëndrimi atje ishte jetëshkurtër dhe menjëherë pasi hispanikët u vendosën afër Tlacotan, ku ata qëndruan deri në 1541. Rebelimi i caxcanes më i njohur si lufta Mixtón, e cila vuri në rrezik seriozisht sundimin spanjoll, arriti deri në rrethinat e Guadalajara. Me revoltën e vendosur "nga zjarri dhe gjaku" nga ushtria e fuqishme e udhëhequr nga Viceroy Antonio de Mendoza, qyteti arriti paqen por mbeti pa punë autoktone, kështu që, në kërkim të tij, ata vendosën të lëvizin popullsinë, duke gjetur Valle de Atemajac, ku themeli i fundit dhe përfundimtar u bë më 14 shkurt 1542. Më vonë, lajmi u konfirmua se, gati tre vjet më parë, mbreti i kishte dhënë gradën dhe privilegjet e qytetit.
Në 1546 Papa Pali III krijoi Peshkopatën e Nueva Galicia dhe në 1548 u krijua Audiencia me të njëjtin emër; Selia e të dy juridiksioneve ishte, fillimisht në Compostela, Tepic, derisa në 1560 u urdhërua ndryshimi i tij në Guadalajara, duke e bërë atë kryetarin gjyqësor të territorit të gjerë që atëherë quhej Audiencia e Guadalajara, kryeqyteti i Mbretërisë së Nueva Galicia dhe selia të Peshkopatës. Ndërsa çdo qytet spanjoll ishte hartuar si një tabelë shahu nga ajo që ishte sheshi i San Fernando dhe gjithashtu siç ishte zakon, lagjet autoktone të Mexicaltzingo, Analco dhe Mezquitán u lanë jashtë planit. Procesi i ungjillizimit filloi nga Françeskanët, të ndjekur nga Augustinasit dhe Jezuitët.
Gradualisht, me vështirësi dhe pengesa, por edhe me suksese, Guadalajara u rrit dhe u vendos si një qendër ekonomike dhe fuqie, aq sa në mes të shekullit të 18-të një numër i konsiderueshëm i njerëzve të pasur nga Guadalajara donin Nueva Galicia me Nueva Vizcaya për të integruar një mëkëmbësi krejtësisht të huaj. në Spanjën e Re, një objektiv i pa arritur sepse reformat politiko-administrative të vitit 1786 ishin në derë, të cilat modifikuan strukturën territoriale, duke ndarë tërë mbretërinë në 12 komuna, njëra prej të cilave ishte Guadalajara.
Gjatë kolonisë, veçanërisht në shekullin e 18-të, bumi ekonomik la një trashëgimi arkitekturore, kulturore dhe artistike, dëshmitë e të cilave mbeten akoma në të gjithë qytetin.
Ajrat pro pavarësisë që përshkuan territorin e Ri Spanjoll depërtuan në Jalisco, kështu që kur shpërtheu Lufta e Pavarësisë në pjesë të ndryshme të Komunës kishte kryengritje.
Më 26 nëntor 1810, Don Miguel Hidalgo, duke komanduar një ushtri të madhe, hyri në Guadalajara dhe u prit nga José Antonio Torres, i cili kishte marrë qytetin pak më parë. Hidalgo këtu lëshoi një dekret që shfuqizonte skllavërinë, letër të vulosur dhe alcabalas dhe sponsorizoi shtypjen e gazetës kryengritëse El Despertador Americano.
Më 17 janar 1811, kryengritësit u mundën në urën Calderón dhe trupat mbretërore të Calleja rikuperuan Guadalajara, duke marrë komandën José de la Cruz, i cili me Peshkopin Cabañas, shkatërroi çdo shpërthim rebelimi.
Shpallur pavarësinë në 1821, shteti i lirë dhe sovran i Jalisco u ngrit, duke lënë Guadalajara si kryeqytetin e shtetit dhe selinë e fuqive.
Paqëndrueshmëria që mbizotëroi gjatë pjesës më të madhe të shekullit të nëntëmbëdhjetë në vend, e përkeqësuar nga pushtimet e huaja, e bëri të vështirë, por nuk e pengoi shtetin dhe veçanërisht në kryeqytetin e tij të vazhdonte zhvillimin në rende të ndryshme. Shembuj të prekshëm janë: në çerekun e dytë të shekullit, krijimi i Institutit të Shkencave Shtetërore; ndërtimin e Shkollës së Arteve dhe Mjeshtërive, Kopshtit Botanik, Burgjeve dhe Panteonit të Betlehemit, si dhe hapjen e fabrikave të para.
Në fillim të viteve tetëdhjetë, u shfaqën tramvajet urbane të tërheqjes së kafshëve, drita elektrike u instalua në 1884, në 1888 mbërriti hekurudha e parë në Meksikë dhe ajo e Manzanillo në 1909. Në vitet nëntëdhjetë, Don Mariano Bárcena themeloi Observatorin Astronomik dhe Muzeu Industrial.
Gjatë revolucionit, në Guadalajara kishte disa akte rebelimi kundër diktaturës Díaz, të tilla si greva të punëtorëve dhe protesta studentore, dhe Madero u prit madje në 1909 dhe 1910 me shprehje të mëdha simpatie. Sidoqoftë, nuk kishte asnjë ngjarje luftarake të pasojave. Nga ana tjetër, kryeqyteti i Guadalajara pësoi një lloj ngecje që përfundoi në 1930 pasi u pajtua paqja e prishur nga lufta Cristeros, duke filluar një dëshirë për modernizim që nuk ka përfunduar.
Shihni gjithashtu Qytetet koloniale: Guadalajara, Jalisco
