Ndërhyrjet e vazhdueshme të pushtuesit spanjoll Don Nuño Beltran de Guzman drejt tokave perëndimore të vendit, për të rritur sundimin dhe pushtetin e tij mbi ato territore, rezultuan në krijimin e një krahine të re të quajtur Mbretëria e Galicisë së Re.
Rajoni ishte i banuar nga grupe të ndryshme indigjene, të cilët vazhdimisht shkatërronin vendbanimet që Spanjollët kishin themeluar në të. Togeri i Nuño de Guzman, Kapiteni Juan B. de Oñate, mori urdhra për të qetësuar ato provinca dhe për të gjetur Villa de Guadalajara në vendin e quajtur Nochistlán, një fakt që u konsumua më 5 janar 1532. Në funksion të sulmeve të shpeshta indigjene në qytet. atij iu desh të transferohej një vit më vonë në Tonalá dhe më vonë në Tlacotlán. Një transferim i tretë u bë për të vendosur qytetin në Luginën Atemajac, ku qyteti u themelua përfundimisht në 14 Shkurt 1542 me praninë e Cristóbal de Oñate si guvernator i Nueva Galicia dhe Don Antonio de Mendoza, më pas mëkëmbës i Spanjës së Re, i cili emëroi Miguel de Ibarra kryetar bashkie dhe toger guvernator.
Qyteti u zhvillua me shpejtësi dhe filloi të konkurrojë me atë të Compostela (sot Tepic), i cili atëherë ishte selia e fuqive fetare dhe civile, në mënyrë që banorët e Guadalajara të ushtronin një presion të tillë mbi autoritetet e Audiencia, saqë mbreti Felipe II vendosi të lëshojë një Cédula të datës 10 maj 1560 për të lëvizur nga Compostela në Guadalajara, Katedralen, Oborrin Mbretëror dhe zyrtarët e Thesarit.
Struktura urbane ishte planifikuar sipas asaj të qyteteve të tjera koloniale, kështu që faqosja e saj u zhvillua në formën e një tabele shahu nga ajo që ishte sheshi San Fernando. Më vonë lagjet e Mexicaltzingo dhe Analco u krijuan nga Fray Antonio de Segovia dhe lagjja Mezquitán, një nga më të vjetrat. Shtëpitë e bashkisë u ngritën gjithashtu, përballë tempullit aktual të San Agustín dhe kishës së parë të famullisë ku ndodhet Pallati i Drejtësisë.
Sot, qyteti madhështor, i shumtë në ndërtesat koloniale, shfaq një numër të mirë të shembujve të rëndësishëm arkitektonikë, të tillë si Katedralja e tij, një vend ku duhet parë, i ndërtuar midis 1561 dhe 1618 nga arkitekti Martín Casillas. Stili i tij është klasifikuar si barok fillestar. Struktura e saj e ngurtë ngrihet përpara Plaza de Guadalajara sot, me kullat e saj kurioze që, edhe pse nuk i përkasin stilit origjinal të ndërtesës, aktualisht njihen si simbol i kryeqytetit Guadalajara. Kullat primitive u shkatërruan në shekullin e 19-të nga një tërmet, prandaj u shtuan ato që ka sot. Brendësia e tempullit është në stil gjysëm-gotik, duke përfshirë qemerët e tij që janë bërë prej dantelle.
Zona të tjera fetare nga shekulli i 16-të janë manastiri i San Franciskos, i themeluar në 1542 pranë lumit, në lagjen Analco, dhe pothuajse i shkatërruar plotësisht në Reformim. Tempulli i tij, i rinovuar në fund të shekullit të 17-të, me fasadën e tij barok të linjave modeste Solomonike, është ruajtur. Manastiri i San Agustín, u themelua në 1573 nga Urdhëresa Mbretërore e Felipe II dhe aktualisht ruan tempullin e saj me fasadën e saj të linjave të ashpra Herrerian dhe brendësinë e saj me qemer me ribbed.
Santa María de Gracia, një tjetër nga fondacionet manastir, u pushtua nga murgeshat Dominikane nga Puebla, e ndërtuar në 1590 para Plaza de San Agustín dhe e paguar nga Hernán Gómez de la Peña. Ndërtimi filloi të zërë gjashtë blloqe, megjithëse sot vetëm tempulli i tij vazhdon, me një fasadë neoklasike nga gjysma e dytë e shekullit të 18-të.
