Calleja ishte organizatori dhe shefi i ushtrisë qendrore (1810-12) gjatë Luftës së Pavarësisë dhe nënkryetari i gjashtëdhjetë i Spanjës së Re, duke sunduar nga 1813 deri në 1816, duke qenë një nga horrat e mëdhenj në historinë e Meksikës.
Ai lindi në Medina del Campo, Valladolid dhe vdiq në Valencia. Ai bëri fushatën e tij të parë si një toger i dytë në ekspeditën e fatkeq të Algjerit, që në mbretërinë e Karlit III, drejtohej nga Kont O'Reilly. Ai ishte një mësues dhe kapiten i një kompanie prej 100 kadetësh, përfshirë Joaquín Blacke, regjent pas Spanjës dhe Francisco Javier de Elío, mëkëmbësi i ardhshëm i Buenos Aires, në Shkollën Ushtarake të Puerto de Santa María.
Ai arriti në Spanjën e Re me numërimin e dytë të Revillagigedo (1789), si kapiten i bashkangjitur në regjimentin e këmbësorisë fikse të Puebla, dhe kreu me sukses disa komisione derisa u emërua komandant i brigadës San Luis Potosí. Ai kishte atje nën komandën e tij kantonin e trupave të urdhëruar për t'u mbledhur nga mëkëmbësi Marquina, i cili u ndoq me shoqërinë e tij nga kapiteni Ignacio Allende. Atje ai gjithashtu u martua me Doña Francisca de la Gándara, vajza e flamurit mbretëror të atij qyteti, i cili ishte pronari i Hacienda de Bledos të madh; dhe ai fitoi ndikim të madh mbi njerëzit e vendit, të cilët e njihnin atë si "mjeshtri Don Felix.
Kur ndodhi kryengritja e Hidalgo, pa pritur urdhra nga mëkëmbësi, ai futi trupat e brigadës së tij në armë, i rriti me të reja dhe duke i organizuar dhe disiplinuar, ai formoi ushtrinë e vogël (4,000 njerëz) por të fuqishëm të qendrës, e cila arriti të mposht Hidalgo dhe përballen me ofensivën e frikshme të filluar nga Morelos.
Calleja doli në pension në Meksikë pas rrethimit të Cuautla (maj, 1812), ai kishte në rezidencën e tij (Casa de Moncada, i quajtur më vonë Palacio Iturbide) gjykatën e tij të vogël ku pakënaqësia me qeverinë e Venegas, të cilin ata e akuzuan për mungesë parash dhe i pafuqishëm për të përmbajtur dhe dhënë fund revolucionit. Rreth 4 vjet më vonë ai drejtoi vendin si mëkëmbës. Ai e përfundoi ushtrinë duke e bërë atë të arrinte në 40,000 njerëz të trupave të linjës dhe milicive provinciale, dhe po aq shumë nga Royalistët u organizuan në të gjitha qytetet dhe pronat, të dy kryesisht lanë provincat që ishin në revolucion; ai riorganizoi Thesarin Publik, produktet e të cilit u rritën me taksa të reja; rivendosi trafikun tregtar me autokolona të shpeshta që qarkullonin përsëri nga një skaj i mbretërisë në tjetrin dhe shërbimin e rregullt postar; dhe rriten performancën dhe produktet doganore.
Kjo supozon fushatat e vazhdueshme dhe intensive që ai promovoi kundër kryengritësve, në të cilat Morelos u nënshtrua. Një njeri i vendosur dhe i paskrupullt, ai nuk ndaloi veten në media dhe mbylli sytë ndaj abuzimeve që komandantët e tij bënë, nëse ata i shërbenin kauzës së vërtetë me zell. Kështu ai e bëri veten të urryer për bashkëkohësit e tij.
U kthye në Spanjë, ai mori titullin Kont i Calderón (1818) dhe kryqëzimet e mëdha të Isabel la Católica dhe San Hermenegildo. Pasi ishte kapiten i përgjithshëm i Andaluzisë dhe guvernator i Cádiz, ai kishte komandën e trupave ekspeditive të Amerikës së Jugut, të cilat u ngritën para se të largoheshin dhe e reduktuan atë në burg (1820). I lëshuar, ai refuzoi Qeverinë e Valencias dhe u burgos përsëri, në Majorka, deri në vitin 1823. "I pastruar" në 1825, ai qëndroi në kazermat në Valencia deri në vdekjen e tij.
