Kolonizimi i këtyre vendeve të largëta u arrit falë vullnetit të palëkundur dhe punës së palodhur të një grupi misionarësh jezuitë, të cilët, duke ditur që pushtuesit nuk kishin mundur të nënshtronin aborigjenët, vendosën t'u sillnin ungjillin atyre, duke arritur kështu me fjalën çfarë që nuk ishte arritur me anë të armëve.
Ishte kështu që në fund të shekullit të 17-të, nën iniciativën entuziaste të Jezuitit Eusebio Kino, i cili mori lejen nga autoritetet Spanjolle për të filluar ekspeditën e Admiralit Isidro Atondo y Antillón, misionarët arritën në atë që atëherë besohej të ishte një ishull, për të ungjillizuar banorët e saj të patëmetë. Për të dhënë leje, Kurora kishte vënë kusht që pushtimi të kryhej në emër të Mbretit të Spanjës dhe që vetë misionarët të merrnin burimet për të kryer ndërmarrjen.
Misioni i parë, Santa María de Loreto, u themelua në 1697 nga At José María Salvatierra, i cili kishte qenë në Tarahumara dhe të cilin At Kino propozoi të kryente punën e madhe. Santa María de Loreto ishte për më shumë se njëqind vjet kryeqyteti politik, ekonomik dhe fetar i Kalifornive.
Gjatë tre të katërtave të ardhshëm të një shekulli, misionarët themeluan një zinxhir prej tetëmbëdhjetë fortesash madhështore, të lidhura nga e ashtuquajtura "rruga mbretërore" që ata ndërtuan vetë, duke lidhur rajonin e Los Cabos, në jug të gadishullit, me kufirin aktual me tonë fqinji në veri; Kjo ishte e mundur sepse midis misionarëve kishte klerikë me njohuri të ndërtimit dhe inxhinierisë hidraulike.
Disa nga këto ndërtime të frikshme mbijetojnë në gjendje të përsosur, siç është ajo e San Ignacio, një nga më të bukurat dhe më të ruajturat, e ndërtuar nga At Juan Bautista Luyando në 1728; ajo e San Francisco Javier, e themeluar në 1699, e cila përbëhej nga një kishëz e përulur prej qerpiçi dhe një shtëpi prifti të ndërtuar nga Fray Francisco María Piccolo; ndërtesa aktuale është ndërtuar në 1774 nga At Miguel Barco, dhe për shkak të arkitekturës së saj të bukur është konsideruar "xhevahiri i misioneve të Baja California Sur"; ajo e Santa Rosalía de Mulegé, themeluar në 1705 nga At Juan María Basaldúa, 117 kilometra në veri të Loreto-s, ishte një nga vendet më të mira, pasi ishte ndërtuar në një oaz buzë detit.
Misionet ndërthurën bukurinë e arkitekturës dhe pasurinë e dekorimit me një mjedis praktik, i cili lejoi vendosjen e vendbanimeve të përhershme rreth tyre. Misionarët jo vetëm që ungjillëzuan aborigjenët, por i mësuan ata që ta bënin shkretëtirën të frytshme me hurma; ata prezantuan bagëtinë dhe kultivimin e misrit, grurit dhe kallamit; Ata arritën ta bënin tokën të prodhonte pemë frutore si avokado dhe fiq, dhe për të respektuar ritet fetare që kërkonin verë dhe vaj, ata morën leje për të kultivuar hardhinë dhe pemën e ullirit, e cila ishte e ndaluar në pjesën tjetër të Ri Spanja, dhe falë kësaj sot, prodhohen verëra të shkëlqyera dhe vaj ulliri në rajon. Dhe nëse e gjitha kjo nuk do të mjaftonte, ata gjithashtu prezantuan shkurret e para të trëndafilave që lulëzuan në këto toka dhe që sot zbukurojnë parqet dhe kopshtet e të gjithë gadishullit.
