Lindur në Ozumba, Shteti i Meksikës, në 1737, ai përqafoi një karrierë fetare dhe u shugurua prift në moshën njëzet vjeç.
Përkundër aftësimit të tij filozofik, që në moshë shumë të re ai është marrë me njohuritë dhe zbatimin e shkencave natyrore, fizikës, matematikës dhe astronomisë. Ai boton punime të vlefshme për tema shkencore në gazetat dhe revistat e kohës së tij. Ai fiton një famë ndërkombëtare dhe caktohet partneri përkatës i Akademisë së Shkencave të Parisit. Ai kalon shumë nga koha e tij duke kryer eksperimente shkencore dhe mbledh një bibliotekë të gjerë. Ai është një koleksionist i pjesëve arkeologjike dhe ekzemplarëve të rrallë të bimëve dhe kafshëve. Eksploroni Xochicalco. Për t’i bërë homazhe, më 1884 u themelua Shoqëria Shkencore Antonio Alzate, e cila më 1935 u bë Akademia Kombëtare e Shkencave. Puna e tij më e njohur editoriale janë shënimet në Historinë e Lashtë të Meksikës nga Jezuit Francisco Javier Clavijero. Thuhet se ai është një i afërm i largët i Sor Juana Inés de la Cruz. Ai vdiq në Mexico City në 1799.
