Pushtimi i Oaxaca ishte relativisht paqësor, pasi zotërit Zapotec dhe Mixtec menduan se do të gjenin te Evropianët aleatët që u duheshin për të mposhtur Aztecët.
Nga ana tjetër, grupe të tjera si Zapotekët e Sierra-s, Chontales dhe veçanërisht Miksët rezistuan dhe kryen një vazhdim të rebelimeve. Pas triumfit të tyre dhe akoma në shekullin e 16-të, Spanjollët zhveshën vendasit nga tokat e tyre, duke legalizuar këtë veprim përmes encomiendas, mercedes dhe ndarjeve të dhëna nga mbreti, duke përshkruar kështu, që nga fillimi i pushtimit spanjoll, çekuilibrin dhe pabarazi që do të mbizotërojë midis shoqërisë spanjolle dhe autoktone.
Abuzimet nga kolonizuesit ishin aq të bollshme sa një pjesë e mirë e punës së kryer nga dy Audiencia dhe Zëvendësi Antonio de Mendoza kishin për qëllim kufizimin e fuqisë së Markezit të Valle de Oaxaca, Hernán Cortés dhe atë të encomenderos. Ata kështu propozuan të forconin autoritetin Mbretëror dhe kjo është arsyeja pse u miratuan Ligjet e Re (1542) dhe u krijua një administratë komplekse. Detyra e ungjillizimit në zonën Mixtec dhe Zapotec ishte puna e rendit Dominikan i cili ndërtoi, me punë në thelb autoktone, kisha të kushtueshme dhe manastire në vendet ku ishin përqendruar qendrat e mëdha të popullsisë, të tilla si Qyteti i Antequera, Yanhuitián dhe Cuilapan. .
Pushtimi shpirtëror ishte më radikal dhe më i dhunshëm se pushtimi ushtarak. Për të ruajtur kontrollin e popullsisë, pushtuesit mbajtën, me modifikime, struktura të caktuara indigjene në një mënyrë të tillë që disa nga krerët e Luginës së Oaxaca dhe Mixteca Alta arritën të ruanin privilegjet dhe pronat antike; Në vend të kësaj, për të kthyer popujt e Amerikës në krishterim, misionarët u përpoqën të shkatërronin çdo gjurmë të fesë së botës para-hispanike.
Pavarësisht nga rënia demografike e popullsisë vendase, e shkaktuar nga epidemitë dhe keqtrajtimet, shekulli i 16-të ishte një zhvillim ekonomik për shkak të futjes së teknikave, kulturave dhe specieve të reja. Për shembull, në Mixteca, fitime të mira u morën nga shfrytëzimi i krimbave të mëndafshit, bagëtisë dhe grurit. Zhvillimi i tregut urban dhe minierave kontribuan në këtë rritje.
Sidoqoftë, kjo prosperitet u ndërpre nga problemet me të cilat minierat përballeshin që nga viti 1590. Tregtia midis Seviljes dhe Amerikës u ul dhe rënia e popullsisë bëri që konsumi i qyteteve të bjerë dhe fuqia punëtore u zvogëlua në shprehjen e saj minimale.
Në shekullin e shtatëmbëdhjetë, ajo e depresionit ekonomik ishte kur u përcaktuan strukturat koloniale, skema e dominimit u konsolidua dhe mekanizmat e një ekonomie të varur u vendosën. Zbatimi i një monopoli dhe skeme tregtare të centralizuar pengoi zhvillimin ekonomik rajonal, duke bërë që zonat aq të pasura sa Lugina e Oaxaca të orientojnë ekonominë e tyre drejt vetë-mjaftueshmërisë, pavarësisht nga rëndësia e prodhimit dhe tregtimit të kakaos, indigo dhe kokineal. .
Tashmë në gjysmën e dytë të shekullit të shtatëmbëdhjetë, ekonomia e Spanjës së Re filloi të përmirësohej: prodhimi i minierave pati një tërhiqje, tregtia me Amerikën Qendrore dhe Perunë u lejua përsëri, dhe popullsia autoktone filloi të rimëkëmbet. Në atë kohë, Spanjollët që jetonin në Mixteca dhe në Luginën e Oaxaca iu përkushtuan bagëtisë në përmasa të mëdha dhe haciendat kombinuan me sukses prodhimin e grurit dhe misrit me rritjen e bagëtisë. Ekonomia e kolonisë u ristrukturua midis viteve 1660 dhe 1692, duke hedhur themelet e shekullit të iluminizmit.
Spanja e Re rritet dhe lulëzon në epokën e iluminizmit. Territori dyfishohet, popullsia trefishohet dhe vlera e prodhimit ekonomik është gjashtëfish. Shembulli më i mirë i këtyre përparimeve është vërejtur në miniera, një aks ekonomik qendror që, ndërsa ishte ende skllav, kaloi nga puna 3,300,000 pesos në 1670 në 27,000,000 në 1804.
Bollëku i Spanjës së Re manifestohet në aktivitetin intensiv të ndërtimit dhe vërshimet në madhështinë e Barokut, ishte atëherë që në Antequera ata ndërtuan, ndër të tjera, Kapelën e Rruzares së Kishës së Santo Domingo, Kisha e Soledad, San Agustín dhe Consolación.
Shekulli 18 ishte shekulli i modernizimit të reformave politike dhe ekonomike të ndërmarra nga mbretërit Bourbon.
Deri në vitin 1800, Meksika ishte bërë një vend me pasuri të jashtëzakonshme, por edhe me varfëri ekstreme, shumica e popullsisë ishte e lidhur me haciendas dhe komunat, ata ishin keqtrajtuar në vendet e punës, të robëruar në miniera dhe mullinj, pa liri, pa para. dhe pa ndonjë shans për tu përmirësuar.
Spanjollët gadishullorë monopolizuan pushtetin politik dhe ekonomik; Kushte të tilla të pabarazisë sociale, ekonomike dhe politike grumbulluan tensione dhe pakënaqësi. Nga ana tjetër, ndikimi i ngjarjeve të tilla si Revolucioni Francez, pavarësia e Shteteve të Bashkuara dhe Revolucioni Industrial Anglez trondit ndërgjegjjet Amerikane dhe ideja e Pavarësisë së Spanjës së Re fillon të marrë formë në Creoles.
