E ndërtuar në shpatet e kodrave, struktura urbane e këtij qyteti duhej të përshtatej me aspektet topografike të terrenit, megjithëse përpiqej të respektonte një formë retikular si një tabelë shahu.
Ky aspekt përfundimisht e lejoi atë të rritet në një mënyrë të matur dhe harmonike, e cila gjatë shekujve ka ruajtur karakterin e saj origjinal. Themeli i saj lindi nga nevoja për të mbrojtur dhe mbrojtur udhëtarët që kaluan tranzit midis Zacatecas dhe kryeqytetit të mbretërisë së atëhershme të Spanjës së Re, duke transportuar kryesisht minerale dhe të cilët ishin të rrethuar nga nomadët autoktonë të kombit Chichimeca. Rreth vitit 1542, Fray Juan de San Miguel krijoi në afërsi të qytetit aktual një qytet me emrin Itzcuinapan, duke i kushtuar Kryeengjëllit San Miguel si shenjt mbrojtës. Kjo popullsi primitive kishte probleme të mëdha me furnizimin me ujë, përveç sulmeve të vazhdueshme dhe të dhunshme të Chichimecas autoktone të rajoneve përreth. Për këtë arsye, banorët e Villa de San Miguel lëvizën vendbanimin disa kilometra në verilindje; ai ishte vendi ku në 1555, me kërkesë të mëkëmbësit Don Luis de Velasco, Villa de San Miguel el Grande do të themelohej nga Don Ángel de Villafañe. Mëkëmbësi gjithashtu kërkoi që fqinjët spanjollë të vendoseshin atje të cilëve do t'u jepej tokë dhe bagëti, ndërsa njerëzve autoktonë që jetonin në të do t'u falej haraçi dhe do të qeveriseshin nga shefat e tyre për të shmangur rebelimet e ardhshme.
Më 8 Mars 1826, Kongresi i Shtetit e bëri atë një qytet dhe ndryshoi emrin e tij, i cili tani e tutje do të ishte San Miguel de Allende, për nder të kryengritësit të famshëm që lindi atje në 1779.
Brenda këtij imazhi tërheqës kolonial, janë vendosur disa pallate me të vërtetë të shquara të kohës. Ndër më të spikaturit janë Pallati Komunal, më parë bashkia e qytetit e ndërtuar në 1736. Shtëpia ku lindi Ignacio Allende, një shembull i arkitekturës barok të qytetit, veçanërisht në fasadën e tij, dhe që aktualisht është Muzeu Rajonal. Casa del Mayorazgo de la Canal, me një fasadë të bukur neoklasike, u përfundua në fund të shekullit të 18-të nga José Mariano de la Canal y Hervas, alderman, dekan dhe flamurin mbretëror. Shtëpia e vjetër rezidenciale e Don Manuel T. de la Canal, një ndërtim i vitit 1735 që u rikonstruktua sipas një projekti nga arkitekti i shquar spanjoll Don Manuel Tolsá në 1809; Ndërtesa aktualisht strehon Institutin Allende dhe thekson gjerësinë e oborreve të saj të brendshme, një kishëz të bukur dhe arkadën e saj të jashtëzakonshme. Shtëpia e Inkuizitorit, e cila shërbeu si rezidenca e komisionerit të Zyrës së Shenjtë dhe daton nga viti 1780. Shtëpia e Markezëve de Jaral de Berrio, e ndërtuar në fund të shekullit të 18-të, dhe asaj të Konteve të Loja me fasadën e saj elegante.
Për sa i përket arkitekturës fetare, qyteti gjithashtu mburret me thesare arkitektonike me vlera të jashtëzakonshme, të tilla si kisha dhe manastiri i Santo Domingo, një ndërtesë e matur nga 1737. Manastiri Leal de la Concepción, i cili aktualisht është Qendra Kulturore, Isshtë një ndërtesë e jashtëzakonshme për oborrin e saj të madh; Wasshtë ndërtuar në shekullin e 18-të nga arkitekti Francisco Martínez Gudlño.
Kisha e Santa Cruz del Chorro, një nga më të vjetrat; tempulli i Rendit të Tretë, që daton nga fillimi i shekullit XVII. Kompleksi i bukur i tempullit dhe oratorisë së San Felipe Neri, nga fillimi i shekullit të 18-të; kisha ka një fasadë të egër barok të bërë në një gurore rozë dhe të zbukuruar me një ndikim të fortë indigjen. Brendësia e saj ka një zbukurim të larmishëm dhe të pasur midis mobiljeve, skulpturave dhe pikturave të denjë për admirim, përveç kishëzës së shkëlqyer të Santa Casa de Loreto dhe Camarín de la Virgen, të dyja të dekoruara në mënyrë të hollë dhe për shkak të përkushtimit të Marquis Manuel Tomás de la Canal. Pranë oratorisë është tempulli i Zojës së Shëndetit, i ndërtuar në shekullin e 18-të me fasadën e tij të zhveshur të kurorëzuar nga një predhë e madhe.
Gjithashtu ndër më tërheqëset në qytet, është tempulli i San Franciskos, nga shekulli i 18-të, me fasadën e tij të bukur Churrigueresque dhe famullia e famshme është pothuajse një simbol i San Miguel de Allende; Megjithëse ndërtimi i tij i stilit neo-gotik është më i fundit, ai u ndërtua në strukturën e tempullit të vjetër të shekullit të 17-të, duke respektuar plotësisht brendësinë dhe planin e tij origjinal.
Shumë afër qytetit është shenjtërorja e Atotonilco, një ndërtim i shekullit të 13-të me përmasa të matura që duket si një fortesë dhe brenda së cilës ruhen piktura të vlefshme nga i njëjti shekull.
