Kristianizimi i Yaquis ishte ajo që lejoi fetarët të përhapeshin në 1609, duke depërtuar në territorin e Sonora.
Gjatë Kolonisë, Sonora korrespondonte vetëm me shpatet e Sierra Madre Occidental të përfshira në kufijtë e asaj entiteti. Rajoni që shkonte në veri nga lumi Yaqui, përfshirë Real de la Cieneguilla, quhej Pimería Baja dhe rajoni më verior nga ai Real deri në lumin Colorado - tashmë në shtetin aktual të Arizonës në Amerikën e Veriut - quhej Pimería Alta.
Territori aktual Sonoran gjithashtu përfshin një rajon të vogël në jugperëndim të asaj që në atë kohë ishte e njohur si Pimería, e vendosur në shtetin Chihuahua dhe Ostimuri, një vend i vendosur në brigjet e Gjirit të Kalifornisë, midis lumenjve Mayo dhe Yaqui.
Në 1614 misionarët Perez de Rivas dhe Pedro Méndez krishtëruan majanët e zonës Ostimuri, duke e ndarë misionin në tre Distrikte: Santa Cruz (në grykën e Mayo), Navojoa dhe Tesia.
Tepahues u inkorporuan së bashku me Cornicaris në 1620. Babai Miguel Godínez themeloi misionet e San Andrés de Cornicari dhe Asunción de Tepahui. . Në të njëjtin vit u themelua Rektorati i San Ignacio, i cili përfshinte, përveç pesë misioneve të përmendura më parë, ato të Bac ,m, Torín dhe Rahún, të vendosura në grykën e Yaqui.
Në 1617 Yaquis u konvertuan nga prindërit Perez de Rivas dhe Tomás Basilio. Pavarësisht nga vuajtjet e kryengritjeve, trazirave, mundimeve dhe vrasjeve, konvertimi i Sonora ishte më i shpejtë dhe më i sigurt. Nga shekulli i 17-të Jezuitët u zgjeruan dhe themeluan misionin e Maycoba dhe Yecora në pjesën jugperëndimore të asaj që ata e dinin si Chínipas.
Misionet nga lumi Yaqui në veri u ndanë në katër rektora: ai i San Borja grupoi misionet e: Cucumaripa dhe Tecoripa , themeluar në 1619; Movas dhe Onovas, në 1622; Sahuaripa në 1627; Matape në 1629; Onapa në 1677 dhe Arivechi , në 1727. Rektorati i Tre Martirëve të Shenjtë të Japonisë që përfshinte Batuco themeluar në 1627, Oposura në 1640 dhe Bacadeguachi , Guazavas , Santa María Baceraca dhe San Miguel Bavispe , themeluar në 1645. Dhe Rektorati i San Javier që integroi misionet e Ures në 1636; Aconchi, Opodepe dhe Banámichi në 1639; Cucurpe dhe Arizpe në 1648 dhe Cuaquiárachi në 1655.
Në 1687 misionari Eusebio Francisco Kino hyri në Pimería Alta dhe filloi misionet e Rektoratit të Nuestra Señora de los Dolores, duke themeluar: Caborca, të cilës iu caktua Francisco Javier Saeta që mban korrespondencë me mbështetjen e tij shpirtërore, babai Kino; Atil, Tubutama, Zoja e Dhembjeve nga Sariç, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera dhe Imuris.
Pas dëbimit të Jezuitëve, misionet ishin në krye të Françeskanëve, të cilët nuk ndërtuan më dhe vetëm u kufizuan në përpjekjen për të ruajtur ato ekzistuese. Pasi Jezuitët kishin krijuar tashmë vendbanime në Sinaloa dhe Sonora, ata i kthyen sytë nga territori Kalifornian.
